غارخونیک در شمال شرق روستای خونیک بر ارتفاعات مشرف به روستا در ۲۰ کیلومتری جنوب قاین قرار دارد. ابزار سنگی به دست آمده از این غار مربوط به دوران موسترین یا پارینه سنگی میانه‌است که تقریباً سی هزار سال قدمت دارند.آثار زندگی در غار خونیک از دوران پارینه سنگی تا عصر اسلامی باقی مانده. این آثار از طبقات زیرو رو شده غار در اثر زلزله به دست آمده که موید نظریه قدمت این غار می‌باشد. غار خونیک دارای دهانه‌ای در حدود ۲ متر وفضای داخلی به طول۵/۱ و عرض ۳ متر می‌باشد. دیواره‌های آن از سنگ‌های توروس تشکیل شده‌اند که به زیبا یی ویژه‌ای به محیط داخلی ان داده‌اند.اولین گمانه زنی‌های باستان‌شناسی در این غاربه سال ۱۹۴۹ میلادی توسط پروفسور کالتون استانلی کوون انجام شد. ابزار به دست آمده از غار خونیک عبارت بود از انواع تیغه‌های سنگی که به وسیله انسان‌های عصر پارینه سنگی میانه تراشیده شده بودند و به ابزار یافت شدهٔ موسترین در فلات ایران شباهت کامل داشتند. (شماره ثبت آثار ملی:۹۵۹۲)

از دیگر غارهای جالب توجه منطقه قائنات می‌توان به غار جوجه، غار فارسان، ترشو، نوغاب و غار پهلوان اشاره کرد.